Jeremy, Aelita, Ulrich, Odd y Yumi están convencidos de que son los únicos que conocen Lyoko. Están seguros de que ya no hay amenazas. Y de que X.A.N.A. ya no existe. Se equivocan. El ente malvado que vivía en Lyoko ha entrado en el mundo real, y ha poseído a Eva Skinner, su nueva compañera de clase. Por si fuera poco, un oscuro personaje acompañado de dos perros feroces vigila cada uno de sus movimientos. Se trata de un agente que trabaja para un grupo terrorista, el Green Phoenix, que desde siempre ha tratado de apoderarse del superordenador...